Op 15 september 1939 werd door de Nederlandse militaire autoriteiten
het St. Servatiusgebouw en het patronaat, uitgezonderd de leeszaal, gevorderd.
Met de gevraagde huurprijs: St. Servatius gebouw f 25,- per maand en het
patronaat f 150,- per maand, gingen de militaire autoriteiten accoord,
waardoor er kort daarop twee Staven werden ondergebracht.
Begin 1941 achtte de bezetter het kennelijk nodig dat er wat
meer rust in het Brabantse land moest komen. Op 3 februari ontvingen de
kerkbesturen een order dat nog maar één keer per dag de klokken geluid mochten
worden. In de St. Servatiusparochie werd besloten om de klok dan te luiden op
zondag voor de Hoogmis en op de andere dagen voor de laatste H. Mis.
In deze periode vroeg de Bisschop per herderlijk schrijven
aandacht voor de kollekte in de kerk, met name voor het steunfonds Bijzondere
noden. En na herhaalde verzoeken van de burgemeester besloot ook het
kerkbestuur van de St. Servatiusparochie zich neer te leggen bij de eis van de
bezetter om het kerkgebouw te verduisteren. De firma H. van Schaik en Zonen
werd hiermee belast voor de prijs van f 500,-.
In de tweede helft van de maand december 1942 werden vanuit de
Schijndelse kerken de klokken weggehaald. Vol ergenis moesten de parochianen
van de Boschweg aanzien dat op last van de Duitsers uit hun kerk twee klokken
werden weggehaald en de parochianen van het Centrum zagen de drie klokken uit
hun kerk op dezelfde wijze verdwijnen. Mocht de St. Servatiuskerk aanvankelijk
haar Angelusklokje uit 1686 behouden, in de loop van het daarop volgende jaar
werd het voor reparatie opgehaald en is nooit meer teruggebracht. Bij de
parochiekerk van O.L.Vrouw van de H. Rozenkrans werd echter na verloop van
enige tijd het kleine klokje van 65 kg. weer terug gebracht.
Moesten de heren geestelijken met hun personeel van de pastorie
in het Centrum direct na de bevrijding elders huisvesting zoeken omdat de
pastorie dermate gehavend was door het oorlogsgeweld, op de Boschweg waren ze
eind september reeds uit hun huisvesting verdreven door de bezetter. Op 23
september 1944 tijdens de Duitse aanvallen op de Corridor, werd de Boschwegse
pastorie gevorderd voor het Duitse rode kruis. In de solide kelders hadden
zich, samen met de pastoriebewoners, diverse van huis en haard verdreven
parochianen genesteld.
Nadat er een voltreffer bij de pastorie was neergekomen wilden
de Duitse arts, een Oberfeldwebël, en zijn manschappen eveneens van de veilige
kelder gebruik
maken. Daarom werd eenieder door hen weggestuurd. Maar pastoor
Pessers en zijn kapelaans lieten zich niet zo maar uit hun huis verdrijven en
bleven in de pastorie. Diverse pogingen van de bezetter om hen weg te krijgen
mislukten. Uiteindelijk konden de heren geestelijken na zes dagen het uiterst
arrogante gedrag van de Duitsers niet meer aanzien en hebben toen hun intrek genomen
in het St. Lidwinagesticht.
Op 24 september 1944 werd in de kerk aan de Boschweg de laatste
H. Mis opgedragen. Vanwege het gevaar was de belangstelling heel gering en men
besloot de kerk voorlopig te sluiten. De nog aanwezige H. Hosties en de paramenten
werden naar de kapel van St. Lidwina overgebracht. Later bleek dat alle
kaarsen uit de kerk alsook uit de sacristie waren gestolen.
De schade aan de pastorie aan de Boschweg viel tamelijk mee, wel
was bijna de voltallige inventaris geroofd. De pastorie in het centrum had zo
veel geleden dat er niet in gehuisd kon worden. Aanvankelijk logeerden de heren
geestelijken bij diverse particulieren maar toen het Weeshuis aan de
Hoofdstraat weer was opgeknapt hebben ze daar de pastorie ondergebracht.
De vernielingen aan de St. Servatiuskerk Centrum waren
aanzienlijk. Vele voltreffers heeft de kerk in ontvangst moeten nemen. De
Boschwegse kerk had geluk en hoefde er slechts twee te incasseren. De pastorie
en de St. Servatiuskerk in Wijbosch werden totaal vernield. Hierbij is vrijwel
het gehele archief tijdens de bombardementen in vlammen opgegaan.